I Ninja vs. Samurai kommer du til at opleve kampen mellem to fantastiske slags krigere.

Du er således en Ninja, der er fanget i et samurai tårn, hvorfor du er nødt til at flygte gennem huller i gulvet og undgå at blive fanget igen. Du har ingen våben og ingen værktøjer, bare dine ninja-færdigheder. På din vej skal du desuden finde de gemte ruller der hjælper dig yderligere.